水利部回复：《中华人民共和国建筑法》第十四条规定“从事建筑活动的专业技术人员，应当依法取得相应的执业资格证书，并在执业资格证书许可的范围内从事建筑活动”。《国务院对确需保留的行政审批项目设定行政许可的决定》（国务院令第412号，2004年6月29日）明确了水利工程建设监理资格认定由水利部作为实施机关。《国务院关于取消第二批行政审批项目和改变一批行政审批项目管理方式的决定》（国发〔2003〕5号）和《国务院关于第三批取消和调整行政审批项目的决定》（国发〔2004〕16号）等规定进一步确认了水利工程建设监理职业资格的合法性。水利部一直高度重视水利工程建设监理人员职业资格管理，不断规范水利工程建设监理企业资质和人员资格管理，先后制定出台了《水利工程建设监理规定》（水利部令第28号）、《水利工程建设监理单位资质管理办法》（水利部令第29号、第40号修订）。2005年，按照国务院要求，我部积极转变管理方式，以《关于将一批改变管理方式的行政审批项目移交到有关行业自律组织（或中介机构）的通知》（水建管〔2005〕244号）将监理人员资格转由中国水利工程协会实行行业自律管理。经过长期的精心培育，水利工程建设监理人员队伍不断发展壮大，已成为水利工程建设不可或缺的有生力量，为确保大规模水利建设进度、质量和安全发挥了至关重要的作用。
住建部监理工程师无法参加水利工程建设监理工作的主要原因是：水利工程具有工程类型多、结构复杂、专业技术特点突出等特点，与市政、公路、铁路等基础设施有明显差异，其他行业监理工程师知识技能不能适应水利水电工程建设的要求。同时，为适应监理工作要求，水利部将监理人员资格划分为水工建筑、机电设备安装、金属结构设备安装、地质勘察、工程测量、水土保持、机电设备制造、金属结构设备制造、环境保护等9个专业，而住建部监理工程师资格无法满足水利工程建设监理各专业工作要求。
近年来，各种检查、稽察、审计发现水利工程监理人员不足的问题非常突出，地方水利部门也普遍反映监理力量不足，请求我部抓紧组织开展监理职业资格考试考核工作。按照国务院推进简政放权、放管结合、优化服务改革的部署要求，我部进一步加强监理人员资格管理，取消对监理人员的注册管理并印发加强后续管理工作的通知，加强事中事后监管。积极与人力资源社会保障部沟通，衔接落实监理工程师统一管理相关工作。印发《水利部办公厅关于加强水利工程建设监理工程师造价工程师质量检测员管理的通知》，明确在新的政策出台前的过渡期内监理工程师的管理要求，取消总监理工程师和监理员职业资格，行业主管部门和自律组织不再认定总监理工程师和监理员职业资格，监理企业可根据需要自行聘用总监理工程师和监理员，努力缓解水利工程监理人员不足的问题。
2017年9月15日，人力资源社会保障部印发了《关于公布国家职业资格目录的通知》，明确监理工程师作为准入类职业资格，由住房城乡建设部、交通运输部、水利部、人力资源社会保障部共同实施，今后监理工程师职业资格考试和认定将由人力资源社会保障部会同有关部门统筹安排实施。下一步，我部将与人力资源社会保障部加强沟通，明确监理工程师职业资格的管理方式，修订水利工程建设监理有关规定，做好监理工程师考试等相关工作。